Er zijn 387 vogelsoorten geregistreerd in Mapungubwe National Park en er komen meer dan 400 soorten voor in de regio. Er is een hoge dichtheid van Verreaux's (zwarte) adelaar in dit ruige landschap en andere roofvogels zijn ook prominent aanwezig. Bijzonder aanlokkelijk is een overvloed aan koekoeksoorten in de zomer, waarbij tot elf soorten worden aangetroffen, waaronder de zeldzamere gewone en dikbekkoekoeks. Een interessante attractie van het park is het voorkomen van soorten die typisch zijn voor de dorre westelijke regio's van het land (bijv. zuidelijke bonte babbelaar, karmozijnrode klauwier en zwartgezicht wasbek) naast soorten die geassocieerd worden met de vochtigere Lowveld habitat van het Kruger National Park.
De Limpopo Tree-top Boardwalk en schuilhut is een prachtige faciliteit waardoor de bezoeker in de bomen naast de vogels of naar beneden kijken op degenen die foerageren op de grond en lagere lagen. Meyer's papegaaien, witkuifhelmkruipers, Meve's (langstaart) spreeuwen en sommige vliegenvangersoorten zullen worden gezien. Zowel tropische als zuidelijke boubous komen voor.
De geelbuikgroene bult, Meve's (langstaart) spreeuw, zwartrug puffback en tropische boubou kunnen worden gezien, en de zuidelijke bonte babbler en Natal spurfowl (frankolijn) zijn zeer vocaal, evenals oranjeborst- en grijskop bosspitsmuizen en grijsrug camaroptera (bleating warbler). Verscheidene uilensoorten, waaronder kerk-, Afrikaanse en witgezichtsscharrelaar, Verreaux's (reuzen)arend, parelgevlekte en Pel's visuil komen voor in Mapungubwe Nationaal Park. Kori-tapuiten zijn prominent aanwezig, terwijl kastanje-rugsparwerleeuweriken en lijsterlingen nomadisch zijn, maar overvloedig kunnen voorkomen. Ook Temminck's koeriers en grondneushoornvogels kunnen in deze habitat worden waargenomen, net als een aantal zwaluwen. De overstromingsvlakte van de Limpopo is een paradijs voor watervogels. Grijze kraanvogels, tot zeven ooievaarsoorten en verschillende soorten steltlopers, reigers, krakeenden en eenden worden in deze natte tijden gezien. Er zijn veel Lala palmen en er zijn gekraagde palmlijsters gesignaleerd.
Andere bijzondere vogels die in het Mapungubwe National Park voorkomen zijn de grote witte pelikaan, de witrugnachtreiger, de vleermuishavik, de augurbuizerd, de Afrikaanse hobby, de Dickinson torenvalk, de groene strandloper, de driekleur, de blauwgevlekte houtduif, de grijskoppapegaai, de Senegal coucal, de pennant-vleugelnachtzwaluw, de blauwwang-bijeneter, de breedbek- en de racketstaartroller, de Afrikaanse wielewaal en de olijfboomgrasmus.